In einer nicht allzu fernen Zukunft, die von Kriegen verwüstet wurde, haben korrupte Regierungen und globaler Kapitalismus zu einer Überausbeutung der natürlichen Ressourcen geführt und Verschmutzung den Planeten zerstört. Gesellschaften brechen zusammen. Mit Unterstützung der letzten Regierungen der Erde starten vier einflussreiche Unternehmen das Genesis Programm. Als Captain des Raumschiff Genesis begeben sich die Spieler in einer finalen Mission in unbekannte Territorien des Weltalls. Sie müssen ein Raumfahrzeug bauen und managen, sich um Ressourcen kümmern, sich furchteinflößenden Alien-Plagen stellen, Kreaturen klonen und ein weites, zufällig generiertes Weltall erforschen.