In Yakuza 6 wird Kazuma Kiryu herausfinden, wie viel Menschen bereit sind,für die Familie zu opfern, wenn er eine Reihe von Ereignissen untersucht, die diejenigen, die er tief in seinem Herzen trägt, betreffen – vor allem wenn es durch enge Bande in Blut oder Freundschaft geht. Nach drei Jahren frisch aus der Haftstrafe entlassen, merkt ein älterer und vom Leben gezeichneter Kiryu, dass Ziehtochter Haruka aus dem Waisenhaus verschwunden ist, in dem er nach ihr sucht. Die Spur führt ihn zu seinen alten Jagdgründen in Kamurocho, wo er entdecken muss, dass Haruka von einem Auto angefahren wurde und jetzt im Koma liegt. Gleichzeitig erfährt Kiryu auch, dass Haruka einen Sohn hat, um den er sich nun kümmern muss. Mit dem Kind im Arm reist Kiryu in die Stadt Onomichi, um die Wahrheit über Haruka und ihren Sohn zu erforschen und ein finsteres Geheimnis aufzudecken. Denn die Yakuza schläft auch in der Stadt Hiroshima nicht.